Bogota werd in 1717 de hoofdstad van de Spaanse kolonie Nieuw-Granada en ook na de onafhankelijkheid van Spanje bleef het de hoofdstad van het land.

Door zijn ver van zee verwijderde ligging lag het niet direct voor de hand dat deze stad zou uitgroeien tot de hoofdstad van Colombia. De hoogvlakte was echter de woonplaats van de inheemse Muisca, een landbouwgemeenschap, en zij bleken voor de kolonisator een overvloedige bron van arbeidskrachten. Deze economische voorsprong maakte de stad tot hoofdstad van het land. De koloniale stad kan nog worden teruggevonden in de wijk La Candelaria.

De stad is zoals vermeld niet alleen hoofdstad van Colombia, maar ook van het departement Cundinamarca, hoewel het daar formeel geen deel van uitmaakt. Cundinamarca is echter het enige departement waarvan de hoofdstad in de nationale grondwet is vastgelegd. Dit betekent dat een verhuizing van de hoofdstad een grondwetswijziging vereist en geen simpel besluit van de provinciale Assemblee.